Η τέχνη της αγιογραφίας παρουσίασε την μεγαλύτερη ανάπτυξη μετά την κατάπαυση των διωγμών. Στην ουσία πέρασε από το στάδιο των συμβόλων και των συμβολικών παραστάσεων στο στάδιο που σήμερα παρατηρούμε στους ναούς, δηλαδή σε αυτό της απεικόνισης των μορφών του Κυρίου, της Θεοτόκου και των Αγίων. Η εικονογράφηση του ναού ονομάσθηκε ιστόρηση γιατί με αυτό τον τρόπο εξιστορούνται τα γεγονότα της Αγίας Γραφής και των βίων των Αγίων.
Η διαμόρφωση της εικονογράφησης αποκτά, μετά την αρχική ελευθερία, μια πιο δομημένη μορφή, ένα σύστημα που αποτελείται από το δογματικό, τον λειτουργικό και τον ιστορικό κύκλο. Ο δογματικός κύκλος τοποθετείται στα υψηλά μέρη του ναού, στο τρούλο που συμβολίζει τον ουρανό. Έτσι στο κέντρο του τρούλου εικονίζεται η επιβλητική μορφή του παντοκράτορος Χριστού ενώ γύρω του συνήθως εικονίζονται άγγελοι. Πιο κάτω στις πλευρές του τρούλου εικονίζονται οι προφήτες που προφήτευσαν την έλευση του Κυρίου, κι ακόμη χαμηλότερα στις κόγχες, οι τέσσερις ευαγγελιστές. Σημαντικό στοιχείο σε αυτό τον κύκλο, το δογματικό, αποτελεί το ότι στη κόγχη του Ιερού που ενώνει την στέγη με το δάπεδο, απεικονίζεται η Πλατυτέρα Θεοτόκος δίνοντας τη θεολογική εξήγηση της γέφυρας από την γη προς τον ουρανό.
Στο λειτουργικό κύκλο περιλαμβάνονται θέματα που αναφέρονται στη Θεία Ευχαριστία. Στην κόγχη του Ιερού κάτω από την Πλατυτέρα εικονίζονται η παράσταση της κοινωνίας των αποστόλων και της λειτουργίας των αγγέλων καθώς και οι ιεράρχες όπως ο Ιωάννης ο Χρυσόστομος και ο Μέγας Βασίλειος κρατώντας στα χέρια τους κείμενα από την Θεία Λειτουργία. Παρατηρούμε ότι ο λειτουργικός κύκλος αναπτύσσεται στον χώρο του Ιερού καθώς εκεί εικονίζονται παραστάσεις με λειτουργικό χαρακτήρα όπως η θυσία του Αβραάμ, ο Μελχισεδέκ, ο Ααρών, ιεράρχες και διάκονοι. Στην πρόθεση εικονίζεται ο μελισμός, δηλαδή ο Χριστός ως βρέφος επάνω στο δισκάριο.
Ο ιστορικός κύκλος αναπτύσσεται στις καμάρες του βυζαντινού ναού, στους πλάγιους τοίχους και στο νάρθηκα. Στις καμάρες εικονίζονται σκηνές από τη ζωή του Κυρίου που αντιστοιχούν στο Δωδεκάορτο (Ευαγγελισμός, Γέννηση, Υπαπαντή, Βάπτιση, Μεταμόρφωση, Έγερση Λαζάρου, Βαϊοφόρος, Σταύρωση, Ανάσταση, Ανάληψη, Πεντηκοστή και Κοίμηση της Θεοτόκου). Στους πλάγιους τοίχους εκεί ακριβώς που τελειώνουν τα στασίδια των πιστών, ξεκινούν οι εικονίσεις των ιεραρχών, των μαρτύρων και των οσίων. Η αγιογράφηση του ναού ολοκληρώνεται με τον νάρθηκα όπου εκεί συνήθως εικονίζεται η εξορία των πρωτοπλάστων και σκηνές της Θεοτόκου και από τη ζωή του Αγίου του ναού.
Παρατηρούμε ότι ο χαρακτήρας της χριστιανικής ζωγραφικής είναι διδακτικός. Φαίνεται έντονα ότι αυτή η τέχνη δεν ενδιαφέρεται για την ανατομική ακρίβεια αλλά αναπαριστά τα πρόσωπα έτσι, ώστε να φαίνονται ότι συμμετέχουν στο νοητό και τον αισθητό κόσμο. Υπάρχει και το ρεαλιστικό στοιχείο τόσο ώστε να μας δείχνουν ότι τα εικονιζόμενα πρόσωπα έζησαν και έδρασαν στο κόσμο όπου ζούμε και εμείς. Η βυζαντινή αγιογραφία σε συνδυασμό με τη ναοδομία, δίνει την αίσθηση στον πιστό μπαίνοντας στο ναό ότι εισέρχεται στη κοινωνία την οποία ο ίδιος ανήκει, ξεκινώντας ιεραρχικά από αυτόν, συνεχίζοντας με τους αγίους και καταλήγοντας στο τρούλο όπου είναι ο Παντοκράτορας.
